بالاترین مقام اجرایی کشور یعنی رئیس جمهور، ریاست قوه مجریه را بر عهده دارد، رئیس جمهور، رئیس کل کشور، رئیس هیئت دولت، رئیس شورای عالی فدرال و فرمانده کل نیروهای مسلح نیز هست رئیس جمهور و معاون رئیس جمهور با رأی مستقیم مردم برای یک دوره چهارساله از میان احزاب سیاسی موجود انتخاب میگردند. و مسئولیت اجرای قوانین و اداره امور کشور را بر عهده دارند رئیس جمهور زیر نظر کمیسیون مالی مستقل انتخابات (INEC) Independent National Electoral Commissionکه رئیس آن توسط رئیس جمهور منصوب میگردد، برگزار میشود.
در انتخابات 25 فوریه 2023 آقای احمد بولاتینوبو به عنوان رییس جمهور و آقای کاشیم شتیما به عنوان معاون رییس جمهور هر دو از حزب APC انتخاب شده اند. انتخابات آتی ریاست جمهوری در فوریه 2027 برگزار خواهد شد.
تعداد وزرای کابینه در طول تاریخ سیاسی این کشور با توجه به شرایط و وضعیت حاکمان وقت متغیر بوده است. اما در حال حاضر کابینه دولت متشکل از 32 وزیر میباشد که با انتخاب رئیس جمهور و با تصویب مجلس سنای نیجریه (رای اعتماد) منصوب میگردند. در تمامیکابینه دولت های نیجریه، سمت هایی به عنوان مشاوران و دستیاران ویژه رئیس جمهور نیز وجود دارند که نقش و تأثیر بسیار مهمی در تصمیمات هیئت دولت داشته و چه بسا نقش آنان از نقش وزیر بالاتر میباشد:مشاور امنیت ملی (NSA)، مشاور سیاسی رئیس جمهور و مشاور اقتصادی رئیس جمهور نکته ای دیگر در خصوص کابینه دولت نیجریه باید مورد توجه قرار گیرد این است که در هر وزارتخانه ای بدلیل وجود رقابتهای قومی و مذهبی، دو وزیر (بدین صورت که یک فرد بعنوان وزیر و فرد دیگر بعنوان وزیر مشاور) منصوب میگردد. بعنوان مثال اگر فردی از قبیلههائوسا و مسلمان بعنوان وزیر امورخارجه منصوب گردد، فرد دیگر از قبیله یوروبا و یا ایبو و مسیحی بعنوان وزیر مشاور در امورخارجی منصوب میگردد که شأن و رتبه همان وزیر را در وزارتخانه دارا میباشد.